El programa EmPeCemos-Primaria está organizado en tres grandes bloques. El primero, compuesto por tres unidades, se centra en la autorregulación emocional; el segundo bloque está dirigido a trabajar sobre la comprensión emocional y a fomentar la empatía y consta de 6 unidades; El último bloque esta formado por 5 unidades y en ellas se enseña y practica un proceso de resolución de problemas sociales.

La aplicación del programa es realizada por el propio profesorado de los centros, que previamente debe asistir a un curso de capacitación impartido por los responsables del programa en el grupo UNDERISK. El grupo de investigación también proporciona asesoramiento y supervisión constante durante la aplicación del programa y apoyo técnico en el proceso de evaluación de los resultados.

El programa puede tener continuidad en cursos posteriores con intervenciones más especializadas dirigidas al alumnado con dificultades en las habilidades tratadas en el programa que pueden llevar a la aparición de problemas de conducta en la escuela o en el hogar. La base para esas intervenciones son los distintos componentes indicados del programa EmPeCemos.